I starten fokuserer bryggeriet på at brygge øl af skotsk herkomst på licens, og producerer de to øl Moulin Ale og Braveheart, der er de eneste øl bryggeriet udbyder i sit første leveår.

I 2006 bliver bryggeriet overtaget af Eddie Szweda, der i dag stadig ejer bryggeriet. Samme år lancerer Midtfyns Bryghus deres Stout, Ale og Wheat. Året efter bliver sortimentet yderligere udvidet, da Midtfyns Bryghus sender hele seks nye øl på markedet; Imperial Stout, IPA, Double IPA, Påskebryg, Jule Ale og Jule Stout. Imperial Stout bliver efterfølgende kåret som årets ølnyhed 2007.

Chili Tripel og Barley Wine bliver lanceret i 2009, Chili Tripel bliver ved Danske Ølentusiasters generalforsamling i starten af 2010 udråbt til årets ølnyhed 2009.

I 2010 kommer Rough Snuff, et samarbejde med Håndbrygger Erik Nielsen, der i dag driver Ø-Bryg på gaden. Rough Snuff er en belgisk Ale brygget på blandt andet blæretang og snus. Sidstnævnte ingrediens fik dog konsekvenser, da man i EU ikke må tilsætte tobak i fødevarer. Derfor er den hedder den udgave af Rough Snuff man kan købe i dag, Rough Snuff II og er en censureret udgave uden tobak. Rough Snuff bliver sidenhen kåret som årets ølnyhed 2010.

I sommeren 2013 flytter Midtfyns Bryghus fra slagterbutikken i Brobyværk, til moderne og mere tidssvarende lokaler i Årslev, hvor der også installeres et nyt og moderne bryganlæg. Første bryg på det nye anlæg bliver døbt Midtfyns Bryghus Nr. 1, og er en single hop Pale Ale brygget på Simcoe.